Процедура реєстрації ФОП визначена Законом України «Про державну реєстрацію юридичних осіб, фізичних осіб – підприємців та громадських формувань». Для реєстрації ФОП людина може направити необхідні документи (перелік вказано в ст. 18 Закону, вимоги до них вказані в ст. 15 Закону) по електронній пошті з описом, що містить відомості про надіслані документах в електронній формі. Для реєстрації в електронному вигляді потрібно зайти на Реєстраційний портал і дотримуватися наведених там інструкцій, але перед цим необхідно звернутися в центр акредитації та сертифікації ключів для отримання електронного цифрового підпису.
Якщо причин для призупинення розгляду документів або відмови в реєстрації немає, то вноситься запис про проведення державної реєстрації до Єдиного державного реєстру, а технічний адміністратор Єдиного державного реєстру передає в усі необхідні органи відомості про реєстрацію нового підприємця, а в фіскальні органи – заява про вибір спрощеної системи оподаткування та / або реєстраційну заяву про добровільну реєстрацію як платника ПДВ, якщо вони були подані разом із заявою про реєстрацію ЛП.
Якщо підприємець не подасть державному реєстратору заяву про застосування спрощеної системи оподаткування разом із заявою про реєстрацію ФОП, то згідно зі ст. 298 Податкового кодексу України можна подати таку заяву безпосередньо до податкової інспекції через засоби електронного зв’язку (при реєстрації електронного підпису).